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我正在使用一些任务RDKit并遇到一些问题。我正在尝试用SaltRemover()函数清理我的数据集，但是ArgumentError发生了，我无法弄清楚。

使用的代码是这样的：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.PandasTools import LoadSDF

A1 = LoadSDF('finaldata_A1.sdf', smilesName='SMILES')
A1 = A1['SMILES']

for mol in A1:
A1_mol = Chem.MolFromSmiles(mol)
if mol is None: continue

from rdkit.Chem import SaltRemover
remover = SaltRemover.SaltRemover(defnFormat='smiles')
A1_mol_SR = remover.StripMol(A1_mol)

运行代码后的错误信息是：

ArgumentError：rdkit.Chem.rdmolops.DeleteSubstructs(Mol, NoneType, bool) 中的 Python 参数类型与 C++ 签名不匹配：DeleteSubstructs(class RDKit::ROMol mol, class RDKit::ROMol query, bool onlyFrags=False, bool useChirality=错误的）

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我认为您在这里感到困惑。

至于，SaltRemover你想用这个defnFormat论点来达到什么目的？当您使用此参数时，您还应该提供defnData定义要删除的盐，即

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import SaltRemover

remover = SaltRemover(defnFormat='smarts', defnData="[Cl]")
mol = Chem.MolFromSmiles('CN(C)C.Cl')
res = remover.StripMol(mol)

# We have stripped the Cl
res.GetNumAtoms()
[Out]: 4

如果您初始化SaltRemover，没有这些参数，盐定义将从作为一组 SMARTS 查询读取的文件中读取。当您设置defnFormat为“微笑”时，您是在告诉移除器将文件作为一系列 SMILES 字符串读取。当然，由于注释和格式不正确，这个文件不能被读取为 SMILES 字符串。在定义的盐中，随后有“无”对象，这就是您收到ArgumentError. 在内部，rdkit 正在使用DeleteSubstructs传递给您的查询分子的函数和要删除的盐，现在可能是“无”。

您可能不需要定义自己的盐。如果不只是使用默认参数：

remover = SaltRemover()

# We can have a look at some of the salts
Chem.MolToSmarts(remover.salts[0])

[Out]: '[Cl,Br,I]'

# Use to strip salts
mol = Chem.MolFromSmiles('CN(C)C.Cl')
res = remover.StripMol(mol)
print(Chem.MolToSmiles(res))

[Out]: 'CN(C)C'

您的另一个问题似乎与您如何处理数据有关。似乎您正在计算Mol两次对象？当您使用“LoadSDF”函数时，除非在参数中指定，否则 Mols 将添加到名称为“ROMol”的列中molColName。你也只是想剥离一个分子？您可能应该考虑尝试将去除剂应用于 A1 数据框中的分子列。

于 2019-12-03T15:56:45.047 回答