0

免责声明：我对 R 很陌生！

我有一些来自RNAseq实验的差异表达数据，我试图用它kegga()来观察不同途径中的上调和下调。

我已经使用DESeq2了我的微分表达式，我需要将我的dds对象转换为 aDGEList以用作参数，kegga()但它不起作用。

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = data, colData = sampleInfo, design = ~ groups)
dge <- as.DGEList(dds)

它只是返回：

as.DGEList(dds) 中的错误：找不到函数“as.DGEList”

有谁知道该怎么做？我肯定已经安装和加载DESeq2等等edgeR。

4

1 回答 1

0

第一个错误的最常见原因是未加载包。如果你已经安装了 DEFormats 然后用 library() 加载它，否则从 Bioconductor 安装它然后加载它。

https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DEFormats.html

要继续分析，您需要执行一些预处理步骤，然后计算 DE 基因。

design <- model.matrix(~ groups)

dge <- as.DGEList(dds)
dge <- calcNormFactors(dge)
dge <- estimateDisp(dge, design, robust=TRUE)
fit_dge <- glmQLFit(dge, design, robust=TRUE)

# change names below to specify the groups you want to compare 
my_contrast <- makeContrasts(genotypeN2-genotypeVC222, levels=design)
de_result <- glmQLFTest(fit_dge, contrast=my_contrast)
topTags(de_result)
keg <- kegga(de_result, species="Mm")

您还可以查看 ClusterProfiler 包，它是一个非常好的接口，用于使用多个本体进行路径注释，并且无论您使用的是 DEseq、edgeR 等，它都有非常简单的实现。

于 2019-11-04T19:35:44.460 回答