在 RDKit 文档中,据说 rdkit.Chem.rdChem.GetIdx(Atom atom) 根据分子返回原子的索引。 https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.rdchem.html
rdkit.Chem.rdmolfiles.CanonicalRankAtoms (Mol mol) 返回分子中原子的规范排名。
https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.rdchem.html
我的问题是原子的规范等级与原子的索引有何不同?非常感谢您提前。
`moleculeSmiles = "C1NCN1"
mol1 = Chem.AddHs(Chem.MolFromSmiles(moleculeSmiles))
rankList = list (rdmolfiles.CanonicalRankAtoms(mol1))
atomIdxList = []
for atom in atomIter:
atomIdxList.append(atom.GetIdx())
print (atomIdxList)
print (rankList)`
[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9] [8, 6, 9, 7, 2, 3, 0, 4, 5, 1]