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问题陈述：

从 Snomed CT 数据库中提取所有父母、祖父母、孩子和孙子

描述：

我正在尝试在我的本地盒子上设置 snomed 数据库，以提取特定概念的关系（所有父母和孩子）（使用 concept_id）。

我已经从https://download.nlm.nih.gov/umls/kss/IHTSDO20190131/SnomedCT_InternationalRF2_PRODUCTION_20190131T120000Z.zip下载了 snomed 数据

然后我使用我在这里找到的脚本将数据导入Postgres SQL DB https://github.com/IHTSDO/snomed-database-loader/tree/master/PostgreSQL

但是我没有找到这些表之间的任何关系，因此我可以获取特定概念 id 的父母、祖父母、孩子和孙子（我尝试使用肺癌 93880001）

下图包含表结构： 在此处输入图像描述

我非常感谢任何帮助或建议。

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1 回答 1

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根据可能无法从任何地方访问的NHS CT 浏览器，93880001 有三个父母：

  • 肺部恶性肿瘤（疾病）
  • 胸腔内器官原发性恶性肿瘤（疾病）
  • 呼吸道原发性恶性肿瘤（疾病）

和 31 个孩子：

  • 肺实质癌（疾病）
  • 肺上皮样血管内皮瘤（疾病）
  • 肺非霍奇金淋巴瘤（疾病）
  • 非小细胞肺癌（疾病）
  • 等等...

查找层次结构的更高和更低级别的方法是使用relationship_f.sourceid和relationship_f.destinationid。但是，原始表对用户不友好，所以我建议制作一些视图。我从这个GitHub 存储库中的 Oracle .sql 文件中获取了代码。

首先，我们使用概念 ID 和首选名称创建视图：

create view conceptpreferredname as
SELECT distinct c.id conceptId, d.term preferredName, d.id descriptionId
FROM postgres.snomedct.concept_f c
inner JOIN postgres.snomedct.description_f d
  ON c.id = d.conceptId
  AND d.active = '1'
  AND d.typeId = '900000000000013009'
inner JOIN postgres.snomedct.langrefset_f l
  ON d.id = l.referencedComponentId
  AND l.active = '1'
  AND l.refSetId = '900000000000508004'  -- GB English
  AND l.acceptabilityId = '900000000000548007';

然后我们对关系进行一个视图：

CREATE VIEW relationshipwithnames AS
SELECT id, effectiveTime, active,
    moduleId, cpn1.preferredName moduleIdName,
    sourceId, cpn2.preferredName sourceIdName,
    destinationId, cpn3.preferredName destinationIdName,
    relationshipGroup,
    typeId, cpn4.preferredName typeIdName,
    characteristicTypeId, cpn5.preferredName characteristicTypeIdName,
    modifierId, cpn6.preferredName modifierIdName
from postgres.snomedct.relationship_f relationship,
    conceptpreferredname cpn1,
    conceptpreferredname cpn2,
    conceptpreferredname cpn3,
    conceptpreferredname cpn4,
    conceptpreferredname cpn5,
    conceptpreferredname cpn6
WHERE moduleId = cpn1.conceptId
AND sourceId = cpn2.conceptId
AND destinationId = cpn3.conceptId
AND typeId = cpn4.conceptId
AND characteristicTypeId = cpn5.conceptId
AND modifierId = cpn6.conceptId;

因此，打印出三个父概念的名称和 ID 的查询将是：

select *
from relationshipwithnames r
where r.sourceId = '93880001'
and r.active = '1'
and r.typeIdName = 'Is a';

请注意，这实际上返回了三个额外的概念，在线 SNOMED 浏览器认为这些概念已过时。我不确定为什么。

要打印出子概念的名称和 ID，请替换destinationId为sourceId：

select *
from relationshipwithnames r
where r.destinationId = '93880001'
and r.active = '1'
and r.typeIdName = 'Is a';

请注意，这实际上返回了 16 个额外的概念，在线 SNOMED 浏览器认为这些概念已过时。同样，我找不到可靠的方法从结果中仅排除这 16 个。

从这里开始，获取祖父母和孙子女的查询很简单。

于 2019-09-18T12:26:08.060 回答