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我正在尝试根据单个基因的 RNA-seq 数据制作计数图。我只对每种治疗和对照组之间的比较感兴趣，而且我的数据是配对的，所以我试图展示这一点。我已经设法通过使用 DEseq2 的 plotCounts 函数制作了左侧的图表（单基因计数），然后稍微修改了图表。代码如下：

data <- plotCounts(dds, gene="GB41122", intgroup=c("Treatment", "Home", "Behaviour"), returnData=TRUE)
data <- ggplot(data, aes(x=Treatment, y=count, shape = Behaviour, color=Home, group=Home)) +
  scale_y_log10() + 
  geom_point() + geom_line()

如何修改它以使图表看起来像右边的那个？

另外，我怎样才能重新排列治疗水平，以便我有左边的 ctr，然后右边的 CO1 和 CO2？

谢谢！安德烈亚

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我不知道如何更改行，但要重新排序处理级别，请尝试将其添加到您的代码中：

+ scale_x_discrete(limits=c("Ctr", "CO1", "CO2"))

于 2019-06-10T13:03:02.650 回答