9

我想问问 Snakemake 社区是否有人在 AWS Batch 中成功实施了 Snakemake 工作流程。

2018 年 10 月最近发布的第 4 页似乎表明 Snakemake 无法在 AWS 上运行,因为它无法处理资源管理。这是出版物:Tibanna:用于在云上可扩展地执行便携式管道的软件- https://www.biorxiv.org/content/early/2019/04/29/440974.full.pdf

是的,同一篇论文确实表明 Snakemake 与谷歌云平台 (GCP) 配合得很好。

但是,Snakemake 文档指出:“Snakemake 4.0 及更高版本支持通过 Kubernetes 在云中执行。这与云提供商无关。” - https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/executable.html#cloud-support

因此,我想知道是否有人使用 AWS Batch 实现了 Snakemake。

此外,在这个问题上,是否有人知道任何 github/bitbucket 页面详细说明了使用 GCP 成功实现 Snakemake。

提前致谢。

4

1 回答 1

1

本页详细介绍了 Snakemake 在 GCP 或 AWS 等云环境中的使用:

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/executing/cluster-cloud.html

AWS 实际上可以通过 Tibanna 获得。

于 2020-02-13T04:17:28.073 回答