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语境

我ggraph用来在圆形树状图中排列节点（树的叶子），然后在一些节点之间添加连接（使用分层捆绑geom_conn_bundle）：

library(ggraph)
library(igraph)

# Example data
edges <- data.frame(from="root", to=paste("leaf", seq(1,100), sep=""))
vertices <- data.frame(name = unique(c(as.character(edges$from), as.character(edges$to))) ) 
tree <- graph_from_data_frame( edges, vertices=vertices )

# Drawing nodes
pr <- ggraph(tree, layout = "dendrogram", circular = TRUE) + 
    geom_edge_diagonal(alpha = 0.2)

# Example connection
pr <- pr + geom_conn_bundle(
    data = get_con(from = 23, to = 42),
    alpha=0.8, 
    width=3, 
    colour="skyblue", 
    tension = 0.9
)
print(pr)

这很好地显示了一个几乎透明的树状图和skyblue.

问题/期望的输出

不过，我想要的是连接的方向由颜色渐变指示（即从绿色开始，慢慢变为红色），而不是仅以一种颜色（天蓝色）显示连接。如何使用 R 和 ggraph 实现这样的颜色渐变geom_conn_bundle？

以下来自Holten (2006)的摘录可以作为我希望连接外观的示例：

在此处输入图像描述

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1 回答 1

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ggraph用于绘制边缘的几个几何图形，包括geom_conn_bundle和geom_edge_diagonal，具有计算的索引统计信息。它是一个从 0 到 1 的数字，表示点沿边缘的距离。请注意，这些 geom ( geom_*0) 的简化版本不计算它。作者在这篇博文中提到了它ggraph。

在这种情况下，将索引映射stat(index)到捆绑包中的颜色aes，然后使用 ( 设置渐变比例scale_edge_color_gradient，而不是scale_color_gradient像我最初尝试的那样)。

在示例图片中，我无法判断宽度是否也被缩放，但同样可以工作，例如edge_width = stat(index).

library(ggraph)
library(igraph)

ggraph(tree, layout = "dendrogram", circular = TRUE) + 
  geom_edge_diagonal(alpha = 0.2) + 
  geom_conn_bundle(aes(color = stat(index)),
    data = get_con(from = 23, to = 42),
    alpha=0.8, 
    width=3,
    # colour="skyblue", 
    tension = 0.9
  ) +
  scale_edge_color_gradient(low = "green", high = "red")

由reprex 包（v0.2.1）于 2019 年 3 月 9 日创建

于 2019-03-09T20:04:06.517 回答