r - 如何在指定的网格（例如 6 x 3）中绘制多个 UMAP？

Question

我正在使用新的 Seurat 3 软件包来分析单细胞测序数据。我已经合并了 18 个 Seurat 对象，并将各个标识符保存在 meta.data 中。使用split.by函数中的参数绘制 18 个单独的 UMAP 时DimPlot，它会返回按字母顺序排列的图。它还在前三行绘制 5 个 UMAP，在最后一行绘制 3 个。我想绘制一个 6 x 3 的网格，并且能够不按字母顺序排列 UMAP。下面是我使用的命令。

DimPlot(object = object, reduction = "umap", split.by = "orig.ident")

Answer 1

如果你不想通过 ggplot2，里面有一个选项DimPlot()：

library(Seurat)
pbmc_small = FindClusters(pbmc_small,resolution=1.2)
DimPlot(pbmc_small, split.by = "ident")

在这种情况下，我们有 6 个方面：

如果我们想要 2 行，比如说订单 0,5,1,3,2,4 ：

DimPlot(pbmc_small, split.by = "ident",ncol=3,order=rev(c(0,5,1,3,2,4)))