我正在尝试创建热图。每个人在 6 个时间点上具有三个二元变量(ecz、whz、rhi)。附加的热图根本没有信息,因为我想看看变量是如何同时发展的。
对于每个单独的行),我希望每个人在每个时间点有 3 行,用 3 种不同的颜色来代表每种症状。这些列将代表 6 个时间点中的每一个。
如果有任何帮助,我将不胜感激!
这是我的数据:
structure(c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L,
13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L,
26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 34L, 35L, 36L, 37L, 38L,
39L, 40L, 41L, 42L, 43L, 44L, 45L, 46L, 47L, 48L, 49L, 50L, 0L,
1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L,
1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L,
0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L,
1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L,
1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L,
1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L,
0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L,
1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L,
0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L,
1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L,
0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L,
0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L,
0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L,
1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L,
1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L,
1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L,
1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L,
1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L,
1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L,
0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L,
1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L,
1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L,
0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L,
0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L,
0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 0L, 1L), .Dim = c(50L, 19L), .Dimnames = list(NULL, c("idno",
"eczms1", "whzms1", "rhims1", "eczms3", "whzms3", "rhims3", "eczms5",
"whzms5", "rhims5", "eczms8", "whzms8", "rhims8", "eczms11",
"whzms11", "rhims11", "eczms16", "whzms16", "rhims16")))
以下是附加热图的代码:
library(pheatmap)
am=as.matrix(am)
col = c("darkgreen","red")
breaks <- c(-1, 0, 1)
c1=pheatmap(am, show_rownames=FALSE, col=col, cluster_rows = FALSE,
cluster_cols=FALSE, legend =TRUE,
legend_breaks = 0:1, legend_labels = c("No","Yes"))