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Macbook Mac OSX 10.12.6 Python 3.6.2 cython 0.28.5 pip 18.0

我正在尝试安装 pysam：

pip3 install pysam

它在以下位置不断出现错误：

creating build/temp.macosx-10.6-intel-3.6/htslib/cram
htslib/cram/cram_io.c:63:10: fatal error: 'os/lzma_stub.h' file not found
#include "os/lzma_stub.h"
         ^~~~~~~~~~~~~~~~
1 error generated.
error: command '/usr/bin/clang' failed with exit status 1

似乎this issue，this和this是版本问题。但我已经尝试过pip3 install pysam==0.13并且0.14得到0.15了相同的结果。

建议？

我真的不想处理安装 conda ......

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显然，您丢失了lzma，它现在是xz图书馆 ( https://tukaani.org/xz/ ) 的一部分。安装它，看看它是否有效。在 OSX 中，您可以使用 homebrew 安装它：brew install xz.

另一种选择是安装htslib( http://www.htslib.org/download/ ) 或 samtools (可以在htsliburl 中找到)。

于 2018-11-29T06:56:28.003 回答
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我的错！pip3 install pysam==0.13实际上确实有效。就留在这里留给后人吧。

于 2018-09-21T19:59:39.947 回答