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我的问题是如何在 2 型 Anova（混合效应模型）上运行事后处理？到目前为止，我正在使用glmer()“lme4”包中Anova()的“car”包，并尝试从“agricolae”包中运行 HSD 测试。

在搜索了一段时间后，这是我能找到的最好的，但是，这样做时我收到一条错误消息。有谁知道如何解决这个问题或我做错了什么？或者另一种方式来做到这一点？

library(lme4)
totaldiversity.model <- glmer(totaldiversity ~ focalspecies + (1|site), family = "poisson", data = data, na.action=na.fail)
library(car)
totaldiv.anova = Anova(totaldiversity.model, type = "II")
library(agricolae)
totaldiv.tukey = HSD.test(totaldiv.anova, "focalspecies", group=TRUE, console=TRUE)

出现的错误信息：Error in HSD.test(totaldiv.anova, "focalspecies", group = TRUE, console = TRUE, : argument "MSerror" is missing, with no default

先感谢您！

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我按照 Ben Bolker 发布的链接（对 glmer 的事后测试）进行了操作，这使我使用glht()了 multcomp 包中的功能。这就是glmer()使用 2 型 Anova 对混合效应模型进行多重比较分析 (Tukey) 的解决方案。需要“multcomp”、“lme4”和“car”包。

totaldiversity.model <- glmer(totaldiversity ~ focalspecies + (1|site), family = "poisson", data = data, na.action=na.fail)
summary(totaldiversity.model)
Anova(totaldiversity.model, type = "II")
summary(glht(totaldiversity.model, mcp(focalspecies="Tukey")))

感谢大家！

于 2018-06-20T20:17:11.243 回答
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从文档中HSD.test，y是“模型（aov 或 lm）或实验单元的答案”。这很可能意味着您应该发送它totaldiversity.model：

HSD.test(totaldiversity.model, "focalspecies", group=TRUE, console=TRUE)
于 2018-06-19T19:33:28.267 回答