google-app-engine - 如何使用谷歌云上的 picard dock 将 fastq 转换为 uBAM

Question

我一直在尝试将我在谷歌云上的 fastq 文件转换为 uBAM 文件，但到目前为止没有成功。这是我使用的代码：

dsub \
--project projectID \
--zones "us-central1-*" \
--logging gs://bucket/logging \
--image broadinstitute/picard \
--command 'java -Xmx8G -jar picard.jar FastqToSam FASTQ=gs://bucket/S_1.fq FASTQ2=gs://bucket/S_2.fq OUTPUT=gs://bucket/S_fastqtosam.bam READ_GROUP_NAME=Cancers SAMPLE_NAME=TS LIBRARY_NAME=Solexa-272222 PLATFORM_UNIT=CL100056 PLATFORM=illumina SEQUENCING_CENTER=BI RUN_DATE=2017-08-20T00:00:00-0400'
--wait

我可以看到镜像已经被拉取并运行成功，但随后我收到错误消息说命令不正确，请检查 PicardcommandLine -h

有没有人有使用谷歌云将 fastq 转换为 uBAM 的经验？请帮忙。非常感激。谢谢你。

Answer 1

dockerbroadinstitute/picard映像已经将 java 作为其入口点运行（请参阅 [1] 了解更多详细信息）。您需要更改命令以删除java -Xmx8G -jar picard.jar.

我也不确定将云存储路径直接传递给 picard 是否可行，并且您可能需要在运行 dsub 时指定其他参数 (--input和)。--output有关更多详细信息，请参阅https://github.com/DataBiosphere/dsub/blob/master/docs/input_output.md。

[1] Entrypoint定义为"/usr/picard/docker_helper.sh"，​​也就是这个文件直接运行java。每个 docker 镜像都有自己的入口点，因此确保为每个 docker 镜像使用正确的命令非常重要。