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我有十个目录，每个目录有大约 10-12 个 bam 文件。我需要使用 picard 包将它们合并在一起，我想找到一种更好的方法。

basic command:
java -jar picard.jar MergeSamFiles \
  I=input_1.bam \
  I=input_2.bam \
  O=merged_files.bam

directory 1:
java -jar picard.jar MergeSamFiles \
  I=input_16.bam \
  I=input_28.bam \
  I=input_81.bam \
  I=input_34.bam \
  ... \
  ... \
  I=input_10.bam \
  O=merged_files.bam

directory 2:
java -jar picard.jar MergeSamFiles \
  I=input_44.bam \
  I=input_65.bam \
  I=input_181.bam \
  I=input_384.bam \
  ... \
  ... \
  I=input_150.bam \
  O=merged_files.bam

如果它们不是顺序的，我如何使用变量添加输入，并且我想做这十个目录的 for 循环，但它们包含不同数量的 bam 文件。

我应该使用 python 或 R 来做还是继续使用 shell 脚本？请指教。

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1 回答 1

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为什么不使用samtools？

for folder in my_bam_folders/*; do
    samtools merge $folder.bam $folder/*.bam
done

一般来说，samtools merge可以像这样合并bam给定目录中的所有文件：

samtools merge merged.bam *.bam

编辑：如果 samtools 不是一个选项并且您必须使用 Picard，那么这样的东西呢？

for folder in my_bam_folders/*; do
    bamlist=$(for f in $folder/*.bam; do echo -n "I=$f " ; done)
    java -jar picard.jar MergeSamFiles $bamlist O=$folder.bam
done
于 2017-12-22T03:20:03.457 回答