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我尝试在 R 中使用 NMDS 分析我的数据。我的矩阵在行和列中列出了物种名称，列为单个站点。我在某些网站下有零。我正在比较各个地点的物种丰度。如果我删除行上的物种标题，它只允许我使用以下代码。

我试图使用的代码是这个代码：

 BirdMatrix<-read.csv("BirdMatrix.csv")
 install.packages("vegan")
 library(vegan)
 community_matrix<-as.matrix(BirdMatrix, ncol=8, nrow=62)
 example_NMDS=monoMDS(community_matrix, # Our community-by-species matrix
              k=2) # The number of reduced dimensions

但我不断收到一个错误：

monoMDS 中的错误（community_matrix，k = 10）：
“dist”必须是距离对象（“dist”类）或对称方阵

我是否必须以某种方式更改矩阵？

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1 回答 1

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可能你已经想通了，你需要使用vegdistvegan 包中的函数。例如：dist.bird <- vegdist( Birdmatrix, method ="bray")

于 2018-03-03T13:47:15.110 回答