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我正在使用 ggpubr 包用 ggboxplot 做箱线图。关于如何增加相邻箱线图之间距离的任何建议？

我已经使用 R 几个星期了，我知道我的脚本可能会写得更好。

我的代码：

flowdata <- read.csv("flowdata.csv", header = TRUE, sep = ";")

flowdata$Haplotype = factor(flowdata$Haplotype,levels(flowdata$Haplotype)
[c(5,1,2,3,4,6)])

library(ggpubr)

p<-ggboxplot(flowdata, x="TP", y="Treg",  add = "jitter",width = 0.5, shape 
= "Treatment", fill = "Haplotype", palette = c("#0092d1","#62b232","#b23a32","#b232a3","#99cccc","#132a64"))+scale_shape_manual(values = c(21,23))

p1<-p+theme(legend.title = element_blank(), legend.text = element_text(size=8), text = element_text(family = "Calibri"), axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))+ labs(x = expression(paste("")),
y = expression(paste(CD4^+{}, CD25^+{}, "cells/µL")))
p1

在此处输入图像描述

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2 回答 2

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参数“width”指定框的宽度，因此一个简单的解决方案是减小该值（从 0.5 开始）。这不会增加盒子的间距，但会增加它们之间的间距，从而使盒子更窄。

但是，在我看来，您的箱线图间距很好，但是您的点（抖动）是重叠的，使图表看起来很乱。一个更简单的解决方案是删除它们，或者将它们更改为点而不是抖动。或者，您可以使用小提琴情节。

为了更好地控制，可以使用“标准”ggplot2，也许可以使用可以为您提供格式的 cowplot：

p <- ggplot(data = flowdata, mapping = aes(x = TP, y = Treg, fill = Haplotype)) +
  geom_boxplot(position = position_dodge(0.5)) + 
  geom_jitter(aes(shape = Treatment)) +
  scale_shape_manual(c(21, 23)) + 
 scale_fill_manual(c("#0092d1","#62b232","#b23a32","#b232a3","#99cccc","#132a64")) +
  theme(legend.title = element_blank(), legend.text = element_text(size=8), text = element_text(family = "Calibri"), axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1)) + 
  labs(x = expression(paste("")), y = expression(paste(CD4^+{}, CD25^+{}, "cells/µL")))
于 2017-11-21T12:59:52.837 回答
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基于亚当斯的回答，我还建议您将箱线图分成几个方面，以便情节实际上是可读的。我想单倍型可能是有趣的方面。此外，您可以减少size抖动点的数量或获得一些透明度alpha，以减少它们的存在，但在方面，箱线图已经更大，因此这可能会自行解决可读性问题。

p <- ggplot(flowdata, aes(x = TP, y = Treg)) +
            geom_boxplot(position = position_dodge(0.5)) + 
            geom_jitter(aes(shape = Treatment), size = 0.5, alpha = 0.8) +
            facet_wrap(~Haplotype, ncol = 3) +
            scale_shape_manual(c(21, 23)) + 
            theme(legend.title = element_blank(), 
                  legend.text = element_text(size=8), 
                  text = element_text(family = "Calibri"), 
                  axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1)) + 
            labs(x = "", 
                 y = expression(paste(CD4^+{}, CD25^+{}, "cells/µL")))
于 2017-11-21T14:19:19.633 回答