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我正在查看 ImageJ 中的一组图像数据集（一堆 .tif 图像，大约 130 帧），我的数据集有问题。这是一系列显微镜图像，每一帧都是一个比前一个高/低约 3-4 微米的平面。随着我深入研究数据集，光散射会产生更亮的背景，因此样本的主要特征是较暗的。

然而，ImageJ 的亮度和对比度功能使用表示整个图像堆栈的直方图。当我在堆栈深处的图像上单击“自动”和“重置”时，生成的对比度非常完美：所有功能都非常亮。然而，回到堆栈的开始，大多数功能已经饱和。

我尝试从堆栈中的各个点手动提取一些图像，并分别对每个图像执行亮度和对比度中的自动->重置，然后将它们重新转换为堆栈，它看起来非常可靠。我如何以编程方式（例如使用插件）为整个堆栈执行此操作？相关的 API 调用是什么？

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开始编写此类脚本的一个好方法是使用 ImageJ 的宏记录器 - 您可以使用Plugins > Macros > Record .... 对于此示例，我假设您已将Record:选项框切换为JavaScript，但如果您更熟悉 ImageJ 宏语言或用 Java 编写插件，则其他选项之一可能是更好的选择。如果您随后打开图像并使用Image > Stacks > Set Slice ...并选择（例如）第 20 片，您应该会看到：

imp.setSlice(20);

...出现在录音机中。现在，如果您运行Image > Adjust > Brightness/Contrast...并选择Auto，您应该在记录器中看到这相当于运行Enhance Contrast保持 0.35% 的饱和像素。正如您所指出的，问题在于这会调整整个堆栈的最小值和最大值，而不仅仅是那个切片。但是，您可以通过运行Enhance Contrast使用不同的选项来运行Process > Enhance Contrast. ImageJ 文档 wiki上有关该选项的部分解释说，如果您想更改像素值而不是设置堆栈的最小值和最大值，则需要选择“标准化”选项。如果我选择这样做，宏记录器会记录：

imp.setSlice(20);
IJ.run(imp, "Enhance Contrast", "saturated=0.35 normalize");

...你应该看到只有第 20 片被改变了。然后，您可以将其包装在一个循环中，该循环在每个切片上运行相同的增强功能：

var imp = IJ.getImage();
var n = imp.getStackSize();

for( var i = 0; i < n; ++i) {
    imp.setSlice(i+1);
    IJ.run(imp, "Enhance Contrast", "saturated=4 normalize");
}

（如果您使用的是 Fiji，那么脚本编辑器（例如 via File > New > Script）是一种尝试此类脚本的简单方法。）

当然，使用 normalize 选项确实会导致像素值被更改，这意味着在这种情况下您会丢失信息，因此我不会将结果堆栈用于定量结果。

我希望这有点用。

于 2011-01-03T21:59:25.223 回答
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您也可以考虑使用CellProfiler来处理图像。即使 CP 无法直接执行您想要执行的操作，您实际上也可以从 CP 运行 ImageJ 命令、插件和宏。

在最简单的情况下，您可以创建一个只有 LoadImages 和 RunImageJ 的 CP 管道。

于 2011-09-30T19:35:41.390 回答
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接受的答案是 OP 问题的最佳答案，但如果您想根据特定数据的切片更改亮度/对比度，则有一个小变种。

在我的情况下，我想要一个阈值效果，但阈值在堆栈的每个切片中都在变化。我去了几个不同的切片并手动找到了阈值。然后，我找到了阈值 (Tv) 作为切片 (s) 的函数的近似函数，如下所示：

Tv=4000/s-17

因此，然后我的脚本变为：

importClass(Packages.ij.IJ);

var imp = IJ.getImage();
var n = imp.getStackSize();
var miny,maxy;

for( var i = 1; i < n+1; ++i) {
    imp.setSlice(i);
    miny=parseInt(4000/i-17);
    maxy=miny+5;
    IJ.setMinAndMax(imp, miny, maxy);
    IJ.run(imp, "Apply LUT", "slice");
}
于 2017-05-03T21:26:01.217 回答