r - 使用标准错误着色创建 ggplot2 stat_ecdf 图

Question

我有来自三剂治疗的数据，每剂重复三次：

df <- data.frame(dose=c(rep(1,300),rep(3,300),rep(5,300)),
replicate=rep(c(rep("X1",100),rep("X2",100),rep("X3",100)),3),
value=c(rnorm(300,1,1),rnorm(300,3,1),rnorm(300,5,1)),stringsAsFactors=F)

df$dose <- factor(df$dose,levels=c(1,3,5))

我想使用 cdf 图显示它。对于每个重复，我可以简单地绘制三个剂量的 cdfs：

for(r in c("X1","X2","X3")){
 ggplot(dplyr::filter(df,replicate==r),aes(x=value,color=dose))+
   stat_ecdf(geom="step")+ 
   theme_bw()+
   theme(panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank())
}

但我正在寻找一种在一个图中显示每个剂量的所有复制品的方法，标准误差在平均值周围有阴影，类似于用stat_smooth.

这可以实现吗？

此外，对于这个或单个复制的情节：

r <- "X1"
ggplot(dplyr::filter(df,replicate==r),aes(x=value,color=dose))+
  stat_ecdf(geom="step")+ 
  theme_bw()+
  theme(panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank())

有没有办法计算每个 ecdfs 下的面积？

Answer 1

您可以使用交互ggplot根据两列对数据进行分组（in）；

ggplot(df,aes(x=value,color = interaction(replicate, dose)
            , group=interaction(replicate, dose)))+
stat_ecdf(geom="step")+ 
theme_bw()+
theme(panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank())

这将是你的阴谋；

因为它有点模糊：

如果你想有线条，那么你可以在交互中dose摆脱或使用而不是在你的;replicatedosereplicateddplyr::filter

  ggplot(dplyr::filter(df,dose==1),aes(x=value,color = interaction(replicate, dose)
            , group=interaction(replicate, dose)))+
stat_ecdf(geom="step")+ 
theme_bw()+
theme(panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank())

你会得到：