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我已经成功制作了 NMDS 图(monoMDS、bray-curtis、3 维、局部模型)。每个点代表一种动物及其饮食组成。

我有两个问题:

(1)如何更改点的符号系统以在 NMDS 图的 1 列(生命阶段)内显示 2 个级别(a 或 j)?!

(2) 我应该如何显示 3D NMDS,我无法让 3D orgl- 函数在 3D 绘图上工作。我应该只制作一些显示 2D 不同维度的图吗?寻找深思熟虑的想法。

使用的代码:

    plot((BC.NMDS.length.corr), choices = c(1, 2), type = "points",
          xlim = c(-2.0, 2.0),las = 1, ylim = c(-1, 1), 
          xlab = "NMDS Axis 1", ylab = "NMDS Axis 2",mgp = c(3.25, 1, 0), 
          cex.lab = 1.35, cex.axis = 1.25)

    with(DATA, 
         points(BC.NMDS.length.corr, Class, draw = "points",col = "gray0", 
                show.groups = "Adult",label = TRUE, lty = 1, lwd = 2))
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将您想要的示例与包的默认示例一起使用:

     # Load library
       library(vegan)
     # Load data
       data(dune)
     # Compute the distance
       dis <- vegdist(dune)

指定是否需要 3D 绘图,三个维度的表示

     # Run monoMDS
       m <- monoMDS(dis, model = "loc", k=3)

     # The 3D representation
       plot(m)
     # Load library for 3D representation
       library(scatterplot3d)

坐标在m$points; 每列引用每个维度。

     # Graphical representation
       scatterplot3d(x=m$points[,1], y=m$points[,2], z=m$points[,3])

此外,如果您想根据一个因素为图着色,您可以指定color=A,其中A是一个数值,其中组被编码。

于 2017-05-08T13:23:22.450 回答