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我正在探索一些数据，所以我想做的第一件事是尝试对其进行正态（高斯）分布。这是我第一次在 R 中尝试这个，所以我一步一步来。首先，我预先合并了我的数据：

myhist = data.frame(size = 10:27, counts = c(1L, 3L, 5L, 6L, 9L, 14L, 13L, 23L, 31L, 40L, 42L, 22L, 14L, 7L, 4L, 2L, 2L, 1L) )

qplot(x=size, y=counts, data=myhist)

情节1

由于我想要计数，我需要添加一个归一化因子 (N) 来扩大密度：

fit = nls(counts ~ N * dnorm(size, m, s), data=myhist, start=c(m=20, s=5, N=sum(myhist$counts)) )

然后我为显示创建拟合数据，一切正常：

x = seq(10,30,0.2)
fitted = data.frame(size = x, counts=predict(fit, data.frame(size=x)) )
ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + geom_line(data=fitted)

情节2

当我发现这个线程谈论使用 geom_smooth() 一步完成所有操作时，我感到很兴奋，但我无法让它工作：

这是我尝试的......以及我得到的：

ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + geom_smooth(method="nls", formula = counts ~ N * dnorm(size, m, s), se=F, start=list(m=20, s=5, N=300, size=10))

Error in method(formula, data = data, weights = weight, ...) : 
  parameters without starting value in 'data': counts

该错误似乎表明它正在尝试适应观察到的变量counts，但这没有任何意义，而且如果我也为 counts 指定一个“起始”值，它可以预见会吓坏：

fitting parameters ‘m’, ‘s’, ‘N’, ‘size’, ‘counts’ without any variables

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'counts' not found

知道我做错了什么吗？当然，这不是世界末日，但步骤越少越好，你们总是为这些常见任务想出最优雅的解决方案。

提前致谢！

杰弗里

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第一个错误表明 ggplot2 在数据中找不到公式中使用的变量“计数”。

统计发生在映射之后，即大小 -> x 和计数 -> y。

这是在 geom_smooth 中使用 nls 的示例：

ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + 
  geom_smooth(method="nls", formula = y ~ N * dnorm(x, m, s), se=F, 
              start=list(m=20, s=5, N=300))

关键是在公式的规范中使用 x 和 y，而不是大小和计数。

于 2010-12-07T23:55:03.063 回答