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我在函数中索引我的蛇形通配符时遇到问题。由于某种原因，变量在“通配符”列表中的存储顺序会有所不同。我使用该函数为我的一个规则生成输入文件的路径，并且随着正确值的位置发生变化，该规则仅在每几个查询中成功一次。如何控制或固定通配符在“通配符”列表中的位置？我添加了我的 Snakefile 的相关内容。

谢谢你，祖普

#!/usr/bin/env python3
import glob
import re

R_BIN = "Rscript"

pop = "lineA lineB".split()
group = "test control".split()
chrom = "X Y".split()

def getInput(Wildcards):
    pop = str(Wildcards[0])
    group = str(Wildcards[1])
    chrom = str(Wildcards[2])
    path = "Resources/bed/" + pop + "_" + group + r"_rep[1-5]/" + pop + "_" + group + r"_rep[1-5]_chr" + chrom + ".bed"
    return(glob.glob(path))

rule BED2BS:
    input:
        getInput
    output:
        wd + "Resources/bs/{pop}_{group}/{group}_chr{chrom}.RDS"
    shell:
        R_BIN + " Scripts/Script1.R {input} {output}"
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1 回答 1

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Snakemake 不保留来自 的通配符顺序（请注意，不同的输出和输入文件可以以不同的顺序使用相同的通配符。因此，文件模式中通配符的出现没有规范的顺序）。但是，您可以按名称处理通配符值，例如：

wildcards.group

请考虑通过Snakemake 教程。

于 2017-01-28T23:17:07.580 回答