我有一个与drmma 和snakemake 中的集群配置文件有关的问题。
目前我有一个管道,我使用 drmma 和以下命令将作业提交到集群:
snakemake --drmaa " -q short.q -pe smp 8 -l membycore=4G" --jobs 100 -p file1/out file2/out file3/out
问题是一些规则/作业需要更少或更多的资源。我虽然如果我使用 json 集群文件,我将能够提交具有不同资源的作业。我的 json 文件如下所示:
{
"__default__":
{
"-q":"short.q",
"-pe":"smp 1",
"-l":"membycore=4G"
},
"job1":
{
"-q":"short.q",
"-pe":"smp 8",
"-l":"membycore=4G"
},
"job2":
{
"-q":"short.q",
"-pe":"smp 8",
"-l":"membycore=4G"
}
}
当我运行以下命令时,我的作业(job1 和 job2)使用默认选项而不是自定义选项提交:
snakemake --jobs 100 --cluster-config cluster.json --drmaa -p file1/out file2/out file3/out
我究竟做错了什么?是不是我不能将 drmaa 选项与 cluster-config 文件结合起来?