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已经有一些关于此的问题，但它们要么不清楚，要么提供了不起作用的解决方案，可能是因为它们已经过时了：

大型项目的模块化代码结构

R Markdown/Notebook 很好，但它的呈现方式通常只有一个文件，其中包含所有文本和所有代码块。我经常有这样的单个文件结构不是一个好的设置的项目。相反，我使用单个.R主文件按顺序加载其他.R文件。我想使用 R Notebook 复制这个结构，即我有一个.Rmd文件，我从多个文件中调用代码.R。

以这种方式处理项目的好处在于，它允许使用 RStudio 使用文件进行良好的正常工作流程，.R而且还可以在不复制代码的情况下从 R Notebook/Markdown 获得整洁的输出。

最小的例子

这被简化以使示例尽可能小。两个.R文件和一个主.Rmd文件。

start.R

# libs --------------------------------------------------------------------
library(pacman)
p_load(dplyr, ggplot2)
#normally load a lot of packages here

# data --------------------------------------------------------------------
d = iris
#use iris for example, but normally would load data from file

# data manipulation tasks -------------------------------------------------
#some code here to extract useful info from the data
setosa = dplyr::filter(d, Species == "setosa")

plot.R

#setosa only
ggplot(setosa, aes(Sepal.Length)) +
  geom_density()

#all together
ggplot(d, aes(Sepal.Length, color = Species)) +
  geom_density()

然后是笔记本文件：

notebook.Rmd：

---
title: "R Notebook"
output:
  html_document: default
  html_notebook: default
---

First we load some packages and data and do slight transformation:

```{r start}
#a command here to load the code from start.R and display it
```

```{r plot}
#a command here to load the code from plot.R and display it
```

期望的输出

start.R所需的输出是通过手动将代码plot.R从notebook.Rmd. 这看起来像这样（由于屏幕空间不足而丢失了一些）：

在此处输入图像描述

我尝试过的事情

source

这会加载代码，但不会显示它。它只显示source命令：

在此处输入图像描述

knitr::read_chunk

此处提到了此命令，但source据我所知，实际上它的作用相同：它加载代码但不显示任何内容。

在此处输入图像描述

如何获得所需的输出？

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3 回答 3

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解决方案是使用 knitr 的 chunk option code。根据knitr 文档：

code: (NULL; character) 如果提供，它将覆盖当前块中的代码；这允许我们以编程方式将代码插入当前块；例如一个块选项 code = capture.output(dump('fivenum', '')) 将使用函数 Fivenum 的源代码来替换当前块

然而，没有提供示例。听起来必须给它一个字符向量，所以让我们试试readLines：

```{r start, code=readLines("start.R")}
```

```{r plot, code=readLines("start.R")}
```

这会产生所需的输出，从而允许模块化的项目结构。

直接给它一个文件是行不通的（即code="start.R"），但会是一个很好的增强。

于 2016-11-10T04:19:32.657 回答
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对于与 R Notebooks 的互操作性，您可以使用read_chunk上述 knitr 的方法。在笔记本中，您必须调用read_chunk设置块；由于您可以按任何顺序运行笔记本块，因此可以确保外部代码始终可用。

read_chunk这是一个用于将外部 R 脚本中的代码导入笔记本的最小示例：

例子.Rmd

```{r setup}
knitr::read_chunk("example.R")
```

```{r chunk}
```

例子.R

## ---- chunk
1 + 1

当您在笔记本中执行空块时，将插入来自外部文件的代码，并内联显示结果，就好像该块包含该代码一样。

笔记本输出

于 2017-03-21T17:08:59.330 回答
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根据我上面的评论，我使用 here 库来处理文件夹中的项目：

 ```{ r setup, echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, results='asis'}

library(here) 

insert <- function(filename){
  readLines(here::here("massive_report_folder", filename))
}
```

然后每个块看起来像 

```{ r setup, echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, 
        results='asis', code=insert("extra_file.R")}
```
于 2018-04-17T14:29:21.127 回答