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我正在尝试在宏中使用 ImageJ 打开 LIF 文件（徕卡格式）。LIF 文件包含 4 个 52 或 45 个时间步长的“LIF 系列”。每个时间步包含 3 个通道。

filepath = "/mydirectory/myfile.lif";
out = "/mydirectory/myTIFF/";
run("Bio-Formats Importer", "open=["+ filepath + "] color_mode=Default split_timepoints split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT");
for(myt ...) { // I don't know how having all the UNIQUE timestep of all the series
    for(mych=0;mych<3;mych++) {
        saveAs("Tiff", "save=[" + out + "/myID" + "_t" + myt + "_ch" + mych + ".tif" + "]");
    }
}

我想每个时间步长+通道保存一个 TIFF 文件。

但是 1：我无法使用“split_channels”和“split_timepoins”选项打开系列导致 ImageJ 崩溃（内存不足） 2：我无法自动打开所有系列导致 ImageJ 崩溃......而且我不知道我该怎么做一一打开系列。或/和时间步长一一

你知道我如何逐个时间步地打开 LIF 文件并将其自动保存在斐济吗？或者我如何分割 LIF 文件的通道和时间步长？

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我找到了我需要的东西！我现在可以一个接一个地工作。

Ext.setId(path);// Initializes the given path (filename).
Ext.getSeriesCount(seriesCount); // Gets the number of image series in the active dataset.

我必须编写代码来生成唯一的时间步，但应该没问题。

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于 2016-07-19T09:35:44.353 回答