skbio - 使用 skbio 从压缩的 FASTA bz2 文件中读取

Question

是否可以从压缩文件（例如 FASTA bz2）中读取？我通常使用skbio.sequence.Sequence.read但在那里看不到这个选项。

谢谢！

Answer 1

这可以按如下方式进行：

import skbio
seq = skbio.io.read("seqs.fna.bz2", format='fasta', compression='bz2', into=skbio.DNA)

我使用的是 scikit-bio 0.5.0，但早期版本也应该可以。虽然我明确定义了压缩类型，但这通常不是必需的。

相关文档在此处和此处。