image-processing - 如何拆分和合并错误分割的区域

Question

我已经对聚集细胞的图片进行了分水岭分割。似乎有许多细胞簇没有被充分分割或根本没有分割。也有单个单元格被过度分割。我可以使用哪些方法来合并过度分割的单个单元格并进一步拆分未分割的单元格簇？

编辑：确定单元格是否被过度分割或分割不足的标准将通过确定单元格的面积是否在正常大小单元格的某个平均范围内来完成。我不确定这是否是个好主意。任何帮助将不胜感激，谢谢。

Answer 1

您必须决定什么是理想的或预期的细胞；显然它是一些没有曲率反转的圆形（即它没有反转方向）=简单的形状。为此，您可以使用形状特征，例如圆形度：您需要确定您接受的圆形度范围。

对于分水岭，我认为进行过度分割可能会更好 - 然后可以根据组合形状是否满足标准（如上所述）来合并附近的形状。可以使用其他形状特征（伸长等）。

如果您进行细分，您别无选择（根据您使用的方法），只能对剩余的形状重复细分。

Answer 2

您不能期望零错误并完美分割一切。也许你有更小或更大的细胞。也许你的图像质量真的很差。

如果您知道单元格的面积在一定范围内，只需调整分水岭参数（阈值），直到平均估计的面积与您的先验知识一致。

如果你有非常大的部分（大面积，超过平均面积的两倍左右），让分水岭在本地以更高的阈值再次运行。

如果您在本地有非常小的分段，请让分水岭在本地以较小的阈值再次运行。

除了使用另一种算法，例如具有半自动分割的ilastik之外，我不会做更多的事情。