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我安装并配置了 emboss 并且可以运行简单的命令行参数来获得一个先前对齐的 multifasta 文件的一致性：

%缺点

从多重比对创建共有序列

输入（对齐）序列集：dna.msf

输出序列[dna.fasta]：aligned.cons

这非常适合一次处理一个文件，但我要处理数百个文件。我已经开始编写一个带有 foreach 循环的 perl 脚本来尝试为每个文件处理它，但我想我需要在脚本之外运行这些命令。关于如何运行命令行友好程序以从先前对齐的 multifasta 文件中连续获取多个文件的 fasta 格式的单个一致序列的任何线索？我不必使用浮雕——我可以使用另一个程序。到目前为止，这是我的代码：

   #!/usr/bin/perl 
   use warnings; 
   use strict; 

   my $dir = ("/Users/roblogan/Documents/Clustered_Barcodes_Aligned");

    my @ArrayofFiles = glob "$dir/*"; #put all files in the directory into an array

    #print join("\n", @ArrayofFiles), "\n";  #diagnostic print

    foreach my $file (@ArrayofFiles){
            print 'cons', "\n";
            print "/Users/roblogan/Documents/Clustered_Barcodes_Aligned/Clustered_Barcode_Number_*.*.Sequences.txt.out", "\n";
            print "*.*.Consensus.txt", "\n"; 
    }
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EMBOSS cons 有两个强制限定符：

  1. - 序列（提供输入序列）

  2. - outseq（用于输出）。

所以你需要将以上内容提供给 field 。

现在稍微更改您的代码以运行多个程序：

my $count=1;
foreach my $file (@ArrayofFiles){
            $output_path= "/Users/roblogan/Documents/Clustered_Barcodes_Aligned/";
            my $output_file = $output_path. "out$count";# please change here to get your desired output filename 
            my $command = "cons -sequence '$file' -outseq '$output_file' "; 
            system($command);
            $count ++;
}

希望上面的代码对你有用。

于 2016-06-11T03:11:41.827 回答