我有低内存笔记本电脑,但我需要处理超过 1Gb 的全基因组数据。为此,我连接到一台超级计算机。在 Windows 机器中,我在 IDLE 或 Pyscripter 中运行代码,当出现错误时,它很容易识别,因为直到错误点的所有变量都可用且可访问。例如,如果您有这样的代码:
genome_dict={}
with open ('genome.fa') as file:
chromosome= parse(file)
sequence= parse(file)
genome_dict[chromosome[z]]=sequence[n][m]
如果解析染色体和序列变量时出错,它们的值可以在 IDLE 中访问。但是在超级计算机 linux 机器中,当发生错误时,我无法获取变量以找出问题所在,我不能使用打印变量,因为它太大而无法打印。我的问题是,有没有什么方法可以在 linux 命令行中运行 python 脚本,以便在脚本完成处理后获得在运行脚本过程中生成的变量,有无错误?