r - forceNetwork 不显示任何边缘

Question

我试图找出 forceNetwork() 中节点和链接数据帧的确切要求，因为我的网络显示彩色可移动点而没有任何边缘连接它们，我不知道为什么。据我所知，要求是：

节点数据框必须具有：

与链接源名称完全匹配的 nodeID 列（如果节点与链接的顺序不同）。如果它们的顺序相同，则可以根据我对文档的阅读删除此参数。

一个组变量，它指定节点的组。不同的组用不同的颜色来区分它们。

链接数据框必须具有：

源列（将与目标连接的节点列表）

目标列

一个值列，它指定要在节点之间绘制的线的权重

> head(links)
  source target value
1  11170      7     1
2   2840      2     1
3  32595      2     1
4  45410      8     1
5  52720     12     1
6  61720      6     1
> head(nodes)
  nodeID group
1  11170     2
2   2840     1
3  32595     2
4  45410     3
5  52720     1
6  61720     2
> head(E(g))
Edge sequence:

[1] 7     -- 11170
[2] 2     -- 2840 
[3] 2     -- 32595
[4] 8     -- 45410
[5] 12    -- 52720
[6] 6     -- 61720
> head(V(g))
Vertex sequence:
[1] "11170" "2840"  "32595" "45410" "52720" "61720"

> typeof(nodes$nodeID[1])
[1] "integer"
> typeof(links$source[1])
[1] "integer"

> dim(links)
[1] 121   3
> dim(nodes)
[1] 135   2

> forceNetwork(Links = links, Nodes = nodes,Source = "source", Target = "target", NodeID = "nodeID",Group = "group", opacity = 0.8, colourScale = "d3.scale.category10()")

Answer 1

数据框中的source 和 target向量Links必须是数字，并且它们的值是指Nodes它们所代表的数据框中节点的索引（零索引，与 R 不同，因为它被 JavaScript 代码使用）。

数据框的nodeID向量Nodes给出了每个节点的名称（字符或数字），当您将鼠标悬停在生成的可视化中的某个节点上时会显示该名称。

鉴于您的示例数据，我怀疑您拥有的数据links$source是节点的 ID，而您拥有的数据links$target是别的东西。虽然它们都是数字向量，但这些值并不代表它们在Nodes数据框中引用的节点的索引。

如果您的links$source和links$target向量中有节点名称/ID，而不是数据框中节点的索引Nodes，您可以像这样修复它......

links <- read.table(header = T, text = "
source target value
11170      7     1
2840       2     1
32595      2     1
45410      8     1
52720     12     1
61720      6     1
")

nodes <- read.table(header = T, text = "
nodeID group
11170     2
2840      1
32595     2
45410     3
52720     1
61720     2
")

# build a new Nodes data frame that includes every 
# unique node found in links$source and links$target
nodes_complete <- data.frame(nodeID = unique(c(links$source, links$target)))

# add groups already identified in your original Nodes data frame
nodes_complete$group <- nodes$group[match(nodes_complete$nodeID, nodes$nodeID)]

# convert your links$source and links$target nodes to their index
# in the new Nodes data frame (zero-indexed)
links$source <- match(links$source, nodes_complete$nodeID) - 1
links$target <- match(links$target, nodes_complete$nodeID) - 1

# now the forceNetwork function will run as expected
library(networkD3)
forceNetwork(Links = links, Nodes = nodes_complete, Source = "source", 
             Target = "target", NodeID = "nodeID", Group = "group", 
             opacity = 0.8, 
             colourScale = "d3.scaleOrdinal(d3.schemeCategory10);")