我正在使用模块 Biopython 模块 NCBIWWW 在线爆破一些序列。我想将我的序列与可用的不同数据库进行对比，但是我找不到它们的完整列表。
这是一个使用“blastn”算法对核苷酸集合数据库进行简单查询的示例。
from Bio.Blast import NCBIWWW
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", some_sequence)
如您所见，数据库 Nucleotide 集合被指定为“nt”。例如，如果我想查询 Human GRCh37/hg19 数据库，我应该用什么替换“nt”？如果我想查询其他物种/构建？是否有任何完整的列表可供我在http://blast.ncbi.nlm.nih.gov找到所有可用数据库的简称？
谢谢！
通过在https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/Blast/NCBIWWW.py的代码中查看 biopython 的文档，它似乎正在查询这个 api http://www.ncbi.nlm.nih .gov/BLAST/Doc/urlapi.html
(...) 此函数不检查参数的有效性，并将值按原样传递给服务器。更多帮助请访问： http ://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Doc/urlapi.html
如您所见，biopython 使您能够查询/解析该 api 的所有方面，包括“数据库”条目。现在的问题，实际上是您的问题是您的数据库的简称是什么，以便被 api 识别。api 的文档不是很好，所以他们没有任何类型的具有有效数据库名称的列表（这完全与 biopython 无关）。
我在 ebi's 找到了这些列表，虽然没有解决问题似乎有帮助
http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiblast/help/index-核苷酸.html http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiblast/help/index-protein.html
另一种方法是查看他们如何在公共 ftp ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/中命名他们的数据库
希望这可以帮助。法比奥
您可以简单地访问http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=tblastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome并单击数据库下拉列表，您会在那里找到数据库名称，例如，nr， nt、est 等