blast - 教程：Blast+ 结果文件解析为 fasta 文件

Question

我是这个论坛的新手，也是计算分析的新手，我第一次使用独立的 NCBI Blast+ (blastp)，我的结果文件格式如下：

查询= Y

长度=6

主题= X

长度=739

分数 = 15.4 位 (28)，期望 = 0.044，方法：基于组合的统计。同一性 = 5/6 (83%)，正数 = 6/6 (100%)，差距 = 0/6 (0%)

查询 1 DDDIPF 6 D+DIPF Sbjct 244 DNDIPF 250

但我想对所有命中进行多次比对，为此，我需要以以下禁食格式提取序列：

主题= X

第 244 章

是否有任何工具有助于从爆炸结果文件或工具/教程中直接进行多重比对以提取 fasta 格式的序列以进一步处理。谢谢。

Answer 1

如果你想使用 blast 的直接输出，你可以使用MView，它会重新格式化序列数据库搜索的结果。否则，另一种选择是提取您感兴趣的序列的 ID，并使用其他工具（例如肌肉）执行 alignmetn