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您好我正在尝试使用 9 行 10 列的矩阵在 ggplot2 中绘制热图

我使用 reshape2 中的“as.matrix”表示法融化矩阵并获得以下输出

A1 = 熔化（as.matrix（A））

  Var1  Var2        value
1     1 X0.05 8.690705e-01
2     2 X0.05 1.930320e-01
3     3 X0.05 1.474900e-02
4     4 X0.05 3.498176e-04
5     5 X0.05 2.451419e-06
6     6 X0.05 4.946808e-09
7     7 X0.05 2.832895e-12
8     8 X0.05 4.563140e-16
9     9 X0.05 2.055474e-20
10    1  X0.1 5.906241e-01
11    2  X0.1 7.416265e-01
12    3  X0.1 2.311771e-01
13    4  X0.1 3.892639e-02
14    5  X0.1 3.361408e-03
15    6  X0.1 1.445629e-04
16    7  X0.1 3.043528e-06
17    8  X0.1 3.103555e-08
18    9  X0.1 1.522292e-10

输出正确，每列由 9 个值表示

然后我按值重新缩放并获得以下输出

A2 = ddply(A1, .(var2), transform, rescale = rescale(value))

Var1  Var2        value      rescale
1     1 X0.05 8.690705e-01 1.000000e+00
2     2 X0.05 1.930320e-01 2.221132e-01
3     3 X0.05 1.474900e-02 1.697101e-02
4     4 X0.05 3.498176e-04 4.025192e-04
5     5 X0.05 2.451419e-06 2.820737e-06
6     6 X0.05 4.946808e-09 5.692068e-09
7     7 X0.05 2.832895e-12 3.259684e-12
8     8 X0.05 4.563140e-16 5.250361e-16
9     9 X0.05 2.055474e-20 0.000000e+00
10    1  X0.1 5.906241e-01 7.963902e-01
11    2  X0.1 7.416265e-01 1.000000e+00
12    3  X0.1 2.311771e-01 3.117163e-01
13    4  X0.1 3.892639e-02 5.248786e-02
14    5  X0.1 3.361408e-03 4.532480e-03
15    6  X0.1 1.445629e-04 1.949266e-04
16    7  X0.1 3.043528e-06 4.103651e-06
17    8  X0.1 3.103555e-08 4.164269e-08
18    9  X0.1 1.522292e-10 0.000000e+00

一切看起来仍然很好，当我绘制热图时，输出是正确的，到目前为止一切都很好

ggplot(A2, aes(Var2, Var1)) + geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "white") + scale_fill_gradient(low = "light blue", high = "dark blue")

热图1

当我添加自定义标签时出现问题，其中 y 轴从 1 变为 9（显示杂合子个体的数量），x 轴从 0.05 变为 0.5（显示次要等位基因频率）

x = [0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50]
y = [1 2 3 4 5 6 7 8 9]

ggplot(A4, aes(Var2, Var1)) + geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "white") + scale_fill_gradient(low = "light blue", high = "dark blue") + scale_x_discrete(labels= x, expression("Minor allele frequency")) + scale_y_discrete(labels= y, expression("Number of Heterozygotes"))

然而这次y轴都搞砸了

热图2

在我看来，ggplot 自动假定一个 10X10 矩阵并尝试添加缺失的标签。我试图在 reshape 中找到一个选项，我可以在其中声明矩阵的形状，但是我找不到解决方案。有没有人遇到过这个问题。任何帮助将不胜感激，在此先感谢

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这是一种方法。您可以使用 更改刻度线标签scale_x_discrete。至于 y，我将 Var1 转换为因子。

ggplot(mydf, aes(x = Var2, y = as.factor(Var1), fill = rescale)) +
geom_tile(color = "white") +
scale_fill_gradient(low = "light blue", high = "dark blue") +
scale_x_discrete(breaks=c("X0.05", "X0.1"), labels=c("0.05", "0.1")) +
xlab("Minor allele frequency") +
ylab("Number of Heterozygotes")

在此处输入图像描述

于 2014-10-12T08:17:17.270 回答