r - 如何使用 R 获得好的树状图

Question

我正在使用 R 使用 Ward 的欧几里得平方距离进行层次聚类分析。我有一个 x 列（站）和 y 行（浮点数）的矩阵，第一行包含标题（站的名称）。我想要一个好的树状图，其中站的名称出现在树的底部，因为我无法解释我的结果。我的目标是找到那些相似的电台。但是，使用以下代码，我得到了较低分支的数字 (100,101,102,...)。

Yu<-read.table("yu_s.txt",header = T, dec=",")
library(cluster)
agn1 <- agnes(Yu, metric = "euclidean", method="ward", stand = TRUE)
hcd<-as.dendrogram(agn1)

par(mfrow=c(3,1))

plot(hcd, main="Main")
plot(cut(hcd, h=25)$upper, 
     main="Upper tree of cut at h=25")
plot(cut(hcd, h=25)$lower[[2]], 
     main="Second branch of lower tree with cut at h=25")

Answer 1

这里有一个很好的例子集合（http://gastonsanchez.com/blog/how-to/2012/10/03/Dendrograms.html）

两种方法：

从hclust基地R

hc<-hclust(dist(mtcars),method="ward")
plot(hc)

默认图

ggplot

ggplot和_ggdendro

library(ggplot2)
library(ggdendro)

# basic option
ggdendrogram(hc, rotate = TRUE, size = 4, theme_dendro = FALSE)