r - 将 BLAST SRA 函数与 R 一起使用

Question

我是 R 菜鸟，但我可以从 R 的命令行控制 NCBI BLAST 中的 SRA 功能吗？NCBI 网站是出了名的不可靠，我希望能够管理批量文件。

Answer 1

猿和 BoSSA 软件包一起应该可以满足您的需求。BoSSA 有一个 blast 函数，它调用 blast API 并使用来自 ape 的 DNAbin 格式。