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在我们的 HPC 集群上，其中一位用户在超过 30 个内核上运行 mpiblast 作业。这些通常会在大约 10 个不同的节点上结束，这些节点通常在用户之间共享。尽管这些作业偶尔可以很好地扩展并且可以有效地使用大约 90% 的可用内核，但扩展性通常非常糟糕，因为作业只能累积对应于大约 10% 可用内核的 CPU 时间。

一般来说，mpiblast 是否应该更好地扩展？有谁知道哪些因素可能导致缩放不良？

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mpiblast 通常应该工作得更快，但不能保证缩放会更好。有几个因素：

  • 对于并行处理，您需要确保正在使用的节点没有空闲/没有被正确使用。这是缩放不良的主要原因之一！
  • 此外，这取决于您用于 BLAST 的文件。比如 mpiblast 中有一些参数，你应该先过一遍。

但总的来说，当节点被同等使用时，mpiblast 应该可以很好地扩展，这意味着负载均衡:)

于 2014-01-28T20:30:43.713 回答