r - 计算 R 中一组化合物的多样性指数（相异指数）

Question

我想计算给定矩阵的多样性指数。

我有一个数据集矩阵（xmatrix.RData），它是一个 986 * 881 矩阵，表示 986 个化合物和 881 个指纹描述符。

计算多样性指数的公式在：
http ://r.789695.n4.nabble.com/file/n4677766/Diversity_Index_Formula.pdf

Answer 1

我会做这样的事情：

# this calulates you the dissimilarity matrix diss(i, j) in the paper
# look at help page of dist for different methods like euclidean, maximum...
diss<-as.matrix(dist(xmatrix, method="binary", diag=TRUE, upper=TRUE))
l<-nrow(xmatrix)

# the overall dissimilarity
sum(rowSums(diss))/(l*(l-1))

希望这可以帮助...