0

我刚刚学习 R，我对我的 R 脚本中这些行的结果感到非常困惑：

myfunction <- function(pdbid,t,d,tabledir) {
    command <- sprintf("sh ../addMeta.sh %s/tool%d-*-data%d-*/%s*.stats-table | tail -n +2",tabledir,t,d,pdbid)
    print(command)
    result <- read.table(pipe(command))
}

上述函数针对参数“pdbid”的多个实例运行，如下所示：

t3 <- apply(pdbids, 2, function(x) myfunction(as.character(x),t,d,as.character("somedironmymachine")))

当我运行 R 脚本时，我得到一个错误：

Error in pipe(command) : invalid 'description' argument

谷歌搜索这条消息导致我在 Stack Overflow 上遇到两个非常不同的问题，并且对这条消息的含义没有任何启示。不过我觉得应该是管道的问题，看了下管道中的命令，所以我在上面打印了，看起来不错

[1] "sh ../5_runs/addMeta.sh ../5_runs/10-subopts-layers-alltools//tool2-*-data4-*/1DK1*.stats-table | tail -n +2"
[2] "sh ../5_runs/addMeta.sh ../5_runs/10-subopts-layers-alltools//tool2-*-data4-*/1ET4*.stats-table | tail -n +2"
[3] "sh ../5_runs/addMeta.sh ../5_runs/10-subopts-layers-alltools//tool2-*-data4-*/1F1T*.stats-table | tail -n +2"
[4] "sh ../5_runs/addMeta.sh ../5_runs/10-subopts-layers-alltools//tool2-*-data4-*/1I6U*.stats-table | tail -n +2"
[..]

并且这些命令中的每一个都可以在 R 之外的命令行上正常运行。

$ sh ../5_runs/addMeta.sh ../5_runs/10-subopts-layers-alltools//tool2-*-data4-*/2GDI*.stats-table | tail -n +2
-> correct result table from addMeta.sh

即使在 R 内部，如果我用它调用它也能正常运行system(command)- 那么有什么问题pipe呢？此外，在过去，我之前曾将这种pipe(command)方法用于非常相似（特殊字符、链接命令）的命令，并且它按预期工作，尽管我从未使用过它通过apply.

如何进一步调试此问题？我用apply错了吗？如果是这样，为什么命令输出正确并且运行没有错误？可能是一些转换/数据格式问题吗？如果是这样，为什么它适用于system()，而不适用于pipe()？有没有办法使用的输出system()来读取数据作为解决方法？R 中是否有pipe()我不知道的限制？神秘的错误信息invalid 'description' argument到底是什么意思？

4

0 回答 0