r - R - 具有多列的小提琴图

Question

我正在尝试绘制一个包含许多列的小提琴图。我将阅读这样的文件：

data <- read.table("file.txt", as.is=TRUE);

数据文件将有很多行，每行都应该是一列。问题是我事先不知道数据文件将有多少行。根据我通过研究发现，我可以制作这样的小提琴情节：

vioplot(x, y, z, ....);

这会给我一个预设数量的列。我将如何处理所有行？另外，我有一个与列对应的字符串列表，因此命名参数也需要类似的方法。

任何帮助表示赞赏。

Answer 1

do.call是所需的成语。

例如

nd <- data.frame(t(data))

现在，vioplot需要命名一个参数x（其余的传入...））

# have the first column called `x`
names(nd)[1] <- 'x'


 do.call('vioplot', nd)

Answer 2

set.seed(101)
write.table(matrix(runif(1000),nrow=10),file="tmpfile.txt")
##

基本上，您想转置数据并将它们转换为列列表......

dat <- read.table("tmpfile.txt", as.is=TRUE)
cdat <- as.list(as.data.frame(t(as.matrix(dat))))
names(cdat)[1] <- "x"  ## vioplot() needs the first element to be called 'x'
library(vioplot)

然后使用do.call

do.call(vioplot,cdat)

如果您有要使用的名称向量：

do.call(vioplot,c(cdat,list(names=nameVector)))

（其他参数将与 一起添加到附加参数列表中names）

从长远来看，我建议（1）如果可能的话，按列而不是按行存储数据；(2) 熟悉geom_violin()in ggplot2- 它更加灵活。

library(reshape2)
mdat <- melt(t(as.matrix(dat)))  ## convert to long format

现在，数据存储为 100 行 x 3 列数据框，Var1 其中包含变量（表示来自原始数据集的列）和Var2（来自原始数据集的行，对应于变量之一）。

library(ggplot2)
ggplot(mdat,aes(x=factor(Var2),y=value))+geom_violin()+
   labs(x="variable")

Answer 3

如何使用parseandeval动态构建和评估表达式（可能不是一个好方法，但我认为它会满足您的需求）......

#  Turn rows into columns
nd <- t(data)

#  Explicitly give some names to your columns
colnames(nd) <- paste0( "V",1:ncol(nd) )

#  Make some violin plots
require(vioplot)
eval( parse( text = paste0( "vioplot(" , paste0( paste0( "nd[,\"" , colnames(nd) , "\"]" ) , collapse="," , sep="" ) , ")" ) ) )