compilation - 编译期间的openmpi错误

Question

我正在尝试本地编译使用 openmpi (1.6.3) 的软件，但出现此错误：

克制凸轮移位2.o：（.toc + 0x98）：未定义对“ompi_mpi_cxx_op_intercept”的引用

克制_camshift2.o：在函数“内部通信”中：

/home/users/didymos/openmpi-1.6.3/include/openmpi/ompi/mpi/cxx/intracomm.h:25：未定义对“MPI::Comm::Comm()”的引用

/home/users/didymos/openmpi-1.6.3/include/openmpi/ompi/mpi/cxx/intracomm.h:25：未定义对MPI::Comm::Comm()' restraint_camshift2.o: In functionIntracomm 的引用：

/home/users/didymos/openmpi-1.6.3/include/openmpi/ompi/mpi/cxx/intracomm_inln.h:23：未定义对MPI::Comm::Comm()' restraint_camshift2.o: In functionIntracomm 的引用：

/home/users/didymos/openmpi-1.6.3/include/openmpi/ompi/mpi/cxx/intracomm.h:25：未定义对“MPI::Comm::Comm()”的引用

/home/users/didymos/openmpi-1.6.3/include/openmpi/ompi/mpi/cxx/intracomm.h:25：未定义对“MPI::Comm::Comm()”的引用

resume_camshift2.o:/home/users/didymos/openmpi-1.6.3/include/openmpi/ompi/mpi/cxx/intracomm.h:25: 更多未定义的对“MPI::Comm::Comm()”的引用遵循约束_camshift2 .o:(.data.rel.ro._ZTVN3MPI3WinE[_ZTVN3MPI3WinE]+0x48):

未定义对 `MPI::Win::Free()' 的引用

未定义对“MPI::Datatype::Free()”的引用 collect2：错误：ld

返回 1 退出状态 make[3]: * [mdrun] 错误 1 ​​make[3]: Leaving

目录 `/home/users/didymos/src/gromacs-4.5.5/src/kernel' make[2]: * [all-recursive] 错误 1

make[2]: 离开目录`/home/users/didymos/src/gromacs-4.5.5/src'

make[1]: * [all] 错误 2

make[1]: 离开目录`/home/users/didymos/src/gromacs-4.5.5/src'

make: * [all-recursive] 错误 1

我正在使用 gcc 4.7.3 有什么想法或建议吗？谢谢！最好的，

托梅克

Answer 1

看起来您没有链接到正确的库。当您为 MPI 编译代码时（无论是 Open MPI、MPICH 还是任何其他实现），您需要使用 MPI 编译器包装器进行编译，而不是直接使用 gcc。

与其说，不如gcc myprog.c说mpicc myprog.c。或者，与此应用程序一样，更改g++ myprog.c为mpic++ myprog.c.

在后台，MPI 将调用 GCC（或您告诉它使用的任何其他编译器）来进行实际编译，但它也会添加所有适当的库、编译器标志以及您需要的任何其他内容。

Answer 2

用户在这里发布了同样的问题：

http://www.open-mpi.org/community/lists/users/2013/07/22296.php

邮件列表上发布的解决方案是：使用 mpiCC（或 mpic++），而不是 mpicc。