blast - 本地 BLAST Swissprot 数据库错误

Question

我正在尝试在我的机器 (Mac) 上运行独立的 ncbi-blast-2.2.28+，但在使用 SwissProt 数据库运行 blastp 时收到此错误消息：

BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.00) referenced in alias file (/Users/me/bin/db/swissprot.00).

这是我所做的：

1）从ncbi服务器下载“ncbi-blast-2.2.28+-universal-macosx.tar.gz”并解压

2）将文件夹的bin内容移动到我的$PATH目录“/Users/me/bin”

3）在“/Users/me/bin”中，我创建了一个“db”文件夹，以及包含以下路径的“.ncbirc”文件：

[BLAST]
BLASTDB=/Users/me/bin/db

4）我下载了SwissProt数据库并在“/Users/me/bin/db/”中获得了以下文件：

swissprot.00.msk
swissprot.01.msk
swissprot.02.msk
swissprot.03.msk
swissprot.04.msk
swissprot.05.msk
swissprot.06.msk
swissprot.07.msk
swissprot.08.msk
swissprot.09.msk
swissprot.10.msk
swissprot.00.pal
swissprot.01.pal
swissprot.02.pal
swissprot.03.pal
swissprot.04.pal
swissprot.05.pal
swissprot.06.pal
swissprot.07.pal
swissprot.08.pal
swissprot.09.pal
swissprot.10.pal
swissprot.pal

然后，当我从任何工作目录（我的查询文件所在的位置）运行 blastp 时，使用以下命令：

blastp -query input.fasta -db swissprot

我收到以下错误消息：

BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.00) referenced in alias file (/Users/me/bin/db/swissprot.00).

当我在其他线程上阅读时，我还尝试在命令行中提及 db 所在的整个路径，并从文件名中删除 .pal 扩展名。但还是不行。

谁能看到我做错了什么？！！！！

Answer 1

将所有文件从 00 到 10 文件夹放入 db 中，然后检查 .pal 文件应该包含 00 到 10 部分，例如对于 nr 数据库之类的

“nr.00” “nr.01” “nr.02” “nr.03” “nr.04” “nr.05” “nr.06” “nr.07” “nr.08” “nr.09” “nr.10”

Answer 2

you are storing your database files in db folder so you have to give this command instead of the one you have used:

blastp -query input.fasta -db db/swissprot

and I believe you are looking for an output in the console itself as you haven't used the -out option.

Also this will work only if the bin directory in which db folder is present be declared as an environment variable.

Answer 3

您是否检查过 .pal 文件中的路径？

Answer 4

您下载的 Swissprot 数据库仅包含 nr 数据库中条目的链接：“nr - 非冗余 GenBank CDS 翻译 + PDB + SwissProt + PIR + PRF，不包括 env_nr 中的条目”。因此，您应该另外下载 nr 数据库，以便在您的机器上使用 SwissProt 数据库运行独立爆炸。它重约 20 (!) Gb，但没有它，您的爆炸将无法工作。这是一个链接： ftp: //ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/