I started to learn how to create 2D games with the Unity3D engine. I found two plugins: NGUI and 2D Toolkit.
My problem is that these plugins have duplicate functionality, both work with sprites, animation, etc. I can't work out which is better to use to create 2D game.
你将不得不做一些研究来回答你的问题。使用 Unity（使用精灵）制作 2D 游戏的主要问题之一是性能问题。
使用免费替代品（如免费版 Orthello 或第一版 Sprite Manager）通常会出现性能问题。我从未使用过 2D 工具包，但我相信 Unity 社区有很多用户购买了 2D 工具包许可证，您可以在他们的论坛和与 ex2D 等其他 2D 工具的比较中找到帮助。
我建议您阅读这些（好）教程
http://www.rocket5studios.com/tutorials/make-a-2d-game-in-unity3d-using-only-free-tools-part-1/
第二个发在unity官方博客上，相信可以解决你的一些疑惑。
我个人现在只会使用内置的 4.6 UI 和 2D 工具。NGUI 目前可能有一些附加功能。但是内置的 UI 和 2D 工具是官方的，这意味着只要 Unity 存在，它们就会得到无限期的改进和支持，而且可能比任何替代方案都获得更多的资金。因此，使用内置工具开发的知识集将具有更长的寿命，并将最终超越所有其他选项。
NGUI绝对是 Asset Store 中用于制作用户界面的最佳系统。对于 2D 游戏中的精灵，我建议使用Unity Sprite 渲染器中的构建。他们超级快。
Ngui 顾名思义更适合 GUI 和 HUD，尽管它有一个动画组件。实际上，我在 2d 游戏中使用了第三个选项：用于菜单 + HUD 的 NGUIi，因为它使用自己的相机和垂直平面以及用于 2d 动画的非常幼稚的精灵动画脚本，足以满足 2d 的需求。尝试搜索 Unity 2d 动画教程，互联网上有很多这样的教程。