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我正在尝试使用Statistics::PCA包对某些遗传变异进行 PCA。该包需要读取列表列表（如果我理解正确，那可以是数组数组，对吗？）。

下面是我的代码的一部分，我在其中为每个人创建数组（每个人都是一个实际的人类受试者，得到一个填充有 0 和 1 的数组，这表示存在或不存在称为“SV”的遗传变异），然后将它们推送到我的名为@LoL_SVs 的数组中：

my @LoL_SVs;

foreach (@individuals) {
    my $ind = $_;
    foreach (@all_SVs) {
        if ($SV{$ind}{$_} != 1) {
            push(@{$SVs{$ind}}, "0");
        }
        if ($SV{$ind}{$_} == 1) {
            push(@{$SVs{$ind}}, "1");
        }
    }
    push @LoL_SVs, [ @{$SVs{$ind}} ];
}

然后，我尝试按照模块的CPAN网站上的说明加载数据（参见 *load_data* 段）：

use Statistics::PCA;

my $pca = Statistics::PCA->new;

$pca->load_data ( { format => 'table', data => @LoL_SVs, } ); 
# ^ this line is where it goes wrong

不幸的是，这不起作用，我收到错误消息：

在 /home/abdel/myperl/share/perl/5.10.1/Statistics/PCA.pm 第 189 行使用“strict refs”时，不能使用字符串 ("0") 作为 ARRAY ref。

知道这里可能出了什么问题吗？

我希望问题得到很好的说明，否则如果您需要更多信息，请告诉我！非常感谢！

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1 回答 1

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您在load_data通话中的选择包括：

data => @LoL_SVs

而在文档中它是这样描述的

data => [ \@Obs1, \@Obs2, \@Obs3, \@Obs4, \@Obs5 ],

您尝试加载一个数组，但模块需要一个数组引用（可能是数组引用）。因此，当您尝试将空数组作为标量参数传递时，它的计算结果为0（因为它包含 0 个元素）。如同：

my @bar;
my $foo = @bar;   # @bar is empty, $foo is 0
print $foo->[0];  # Can't use string ("0") as ARRAY ref ...

您的问题可以通过将引用传递给来解决@LoL_SVs：

data => \@LoL_SVs

作为旁注，您使用的是很好的

use strict;

我也希望你正在使用

use warnings;

没有strict和使用类似的变量名@LoL_SVs很容易出现拼写错误，@Lol_Svs从而导致难以检测到错误。如果不使用warnings，这样的错误将更难找到。

于 2013-04-11T11:55:08.927 回答