r - “不对称”成对距离矩阵

Question

假设要比较三个序列：a、b 和 c。传统上，生成的 3×3 成对距离矩阵是对称的，表明从 a 到 b 的距离等于从 b 到 a 的距离。

我想知道 TraMineR 是否提供了一些方法来生成不对称的成对距离矩阵。

Answer 1

不，由于 Pat 评论中强调的原因，TraMineR 不会产生“不对称”差异。

计算序列之间的成对差异的主要兴趣在于，一旦我们有了这样的差异，我们就可以例如

• 测量序列之间的差异，确定邻域，找到中心点，......
• 运行集群算法，自组织地图，MDS，...
• 对序列进行类似方差分析的分析
• 为序列生长回归树

在这些过程中输入非对称相异矩阵很可能会产生不相关的结果。

正是由于这种对称性要求，用于计算最佳匹配距离的替代成本必须是对称的。重要的是不要将替代成本解释为从一种状态转换到另一种状态的成本，而是要了解它们的本质，即编辑成本。当比较两个序列时，例如 aabcc和aadcc，我们可以通过任意替换b第d一个序列中的 with 或d第二个序列中的 with 来使它们相等b。那么，不为这两个替换付出相同的成本是没有意义的。

希望这可以帮助。