biopython - Biopython 找不到文件

Question

我正在尝试从 Python 提示符运行 qblast，在导入我需要的所有库后，Python 找不到我的文件：

>>> record = SeqIO.read(open("sinchimeras_1.fasta"), format="fasta")
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'sinchimeras_1.fasta'

我试图写下文件的所有路径（“/Users/imac ...”）并将文件移动到 Python 和 Biopython 文件夹，我得到了相同的消息。

我必须在哪里保存我的文件？我究竟做错了什么？

Answer 1

您需要将该文件移动到您的工作目录或使用绝对路径。

这个问题与 Biopython 无关；IOError 来自open("sinchimeras_1.fasta").

解释

当您为 Python 提供相对路径“sinchimeras_1.fasta”时，它会在当前目录中查找此类文件。因此，不要将您的 Fasta 文件移动到 Python/Biopython 文件夹，而是确保它位于您的工作目录中（os.getcwd()可能会有所帮助）。

或者，您可以提供文件的绝对路径来代替“sinchimeras_1.fasta”（例如open("/Users/imac.../sinchimeras_1.fasta")）。