python - 使用 Biopython 在线运行 BLAST 的语法错误

Question

我正在尝试构建一个脚本，以按照 Biopython 教程和食谱（第 7 章）将焦磷酸测序的 fasta 文件与核苷酸 GenBank 数据库进行比较。

在进程运行时，提示符会显示以下消息：

result_handle=NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", record.seq)
            ^
SyntaxError: invalid syntax

而且我不知道问题是什么，或者如何解决它。我的脚本中可能有后来的错误。但现在，我不能继续用它来唤醒。

Answer 1

从您提供的代码片段中，您只需要关闭open命令的括号块 -format是传递给的参数SeqIO.read，而不是open.

record=SeqIO.read(open("/Users/imac/Desktop/sinchimeras_1.fasta"), # close parens
    format="fasta")
result_handle=NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", record.seq)
archivo1=open("/Users/imac/Desktop/bacsoilpia0_otu.xml", "w")
archivo1.write(result_handle.read())