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我使用 R 包adehabitatHS和函数得到了不好的测试结果compana()。

compana 测试将栖息地的可用性与动物的栖息地使用情况进行比较。该测试执行成分分析，产生 Wilk 的 lambda 和 p 值。

我正在对满足 compana 测试的规定格式和内容要求的经验数据（16 种动物，8 个栖息地类别）进行测试，但测试返回：lambda = NaN, p-value = 1.0.

我检查了我的数据以了解 NaN 的标准原因，我没有发现任何问题，例如缺失值 ( NAs)、负比例或行总和 > 100%。此外，当我使用完整数据集（16 行，8 列）时会出现错误，但当我使用子集（缺少一列）时不会出现错误。排除哪些列似乎并不重要，只要包含 7 个或更少。

我的数据的详细信息如下。任何帮助或建议将不胜感激。

平台：OSX 10.7.4 (Lion) R 版本：R 2.15.1 GUI 1.52 Leopard build 64-bit (6188)

代码：

使用的栖息地比例（矩阵）：

used.m
    Atr   Cre    DW  Dist  Gra   Mar   Mes   Opn
1   2.76 19.31  4.14 17.24 0.00 28.28  0.00  0.00
2  15.12  1.16  3.49  5.81 2.33 32.56 25.58  3.49
3  57.35 13.24  1.47  0.00 6.62  0.00  8.09 12.50
4  41.18  0.98  2.94  0.00 3.92  0.00 29.41 18.63
5   9.52 17.01 23.13  0.00 0.00 37.41  3.40  0.00
6   2.54 67.01  0.00  0.51 0.51  6.09  3.05  0.00
7  10.45 15.67  5.22  5.97 0.00  0.00 33.58 10.45
8   6.34  0.00  0.00  4.23 0.00  0.00  0.00 21.83
9   0.66 18.54  1.32 39.74 0.00  8.61  2.65  0.66
10 20.75  0.00  0.00  0.00 0.00  0.00  0.00 49.06
11 20.14 18.06 12.50  8.33 0.00  5.56 22.22  9.72
12  0.00  0.00  0.00 58.04 0.00  0.00 13.99  0.00
13 44.23  4.81  0.00  0.00 0.00  0.00 28.85 19.23
14 13.04  2.61  1.74  2.61 0.00 19.13  6.09 25.22
15 35.96  3.51  0.00  2.63 0.00  1.75 25.44  0.88
16  0.00  0.00  0.00 35.14 0.00  7.21  0.00  8.11

可用栖息地的比例（矩阵）：

avail.m
    Atr   Cre    DW  Dist   Gra   Mar   Mes   Opn
1   1.11 39.18 15.50  0.29  0.00 30.18  4.15  3.43
2  18.96  1.02  0.87  7.40  4.36 37.80  6.17 10.56
3  65.75  3.85  0.57  0.00 12.36  0.00  9.97  3.43
4  20.52  5.44  2.01  0.00  0.08  0.00 10.99 44.22
5  11.16 43.55 10.34  0.00  0.00 18.11  9.60  3.17
6  25.24  9.88  2.77  2.44  4.95 12.90 11.44  2.19
7   5.47 21.13  6.67  0.57  0.00  0.10 30.73  9.59
8   6.23  0.00  0.00  4.85  0.00  0.00  0.00  5.72
9   0.85  1.97  0.09 33.52  0.00  5.58  1.73  0.84
10 18.97  0.00  0.00  0.00  0.00  0.00  0.00  5.59
11  0.16 44.41 19.16  3.53  0.00  1.28 21.65  4.13
12  6.67  3.89  0.31 13.63  0.00  0.00 20.56  0.00
13 21.40  2.38  2.66  0.00  0.00  0.00 21.23 46.96
14 42.62  9.36  1.49  3.89  0.43  3.61 20.79  5.80
15 33.32 12.90  4.17  4.09  0.15  3.96 12.32  4.94
16  5.65  0.00  0.00  1.36  0.00  0.59  0.00  9.71

加载 adehabitatHS 包

library(adehabitatHS)

对完整数据集（所有行，所有 8 列）运行 compana 测试

fulldata.comp <- compana(used.m, avail.m)

检查结果

fulldata.comp$test
Lambda      P 
   NaN      1

对部分数据（所有行，第 1-7 列）运行 compana

partdata.comp <- compana(used.m[, 1:7], avail.m[, 1:7])

检查结果

partdata.comp$test
   Lambda         P 
 0.3319731 0.6280000
4

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