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我无法通过 Python 调用名为 Sixpack 的 EMBOSS 程序（通过命令行运行）。

我通过 Windows 7、Python 3.23 版、Biopython 1.59 版、EMBOSS 6.4.0.4 版运行 Python。Sixpack 用于翻译所有六个阅读框中的 DNA 序列，并创建两个文件作为输出；识别ORF的序列文件，以及包含蛋白质序列的文件。

我可以从命令行成功调用三个必需的参数：( -sequence [input file], -outseq [output sequence file], -outfile [protein sequence file])。我一直在使用 subprocess 模块代替 os.system，因为我读到它更强大、更通用。

以下是我的 python 代码，它运行没有错误，但不会产生所需的输出文件。

from Bio import SeqIO
import re
import os
import subprocess

infile = input('Full path to EXISTING .fasta file would you like to open: ')
outdir = input('NEW Directory to write outfiles to: ')
os.mkdir(outdir)
for record in SeqIO.parse(infile, "fasta"):

    print("Translating (6-Frame): " + record.id)

    ident=re.sub("\|", "-", record.id)

    print (infile)
    print ("Old record ID: " + record.id)
    print ("New record ID: " + ident)

    subprocess.call (['C:\memboss\sixpack.exe', '-sequence ' + infile, '-outseq ' + outdir + ident + '.sixpack', '-outfile ' + outdir + ident + '.format'])

    print ("Translation of: " + infile + "\nWritten to: " + outdir + ident)
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找到了答案。我使用错误的语法来调用子进程。这是正确的语法：

subprocess.call (['C:\memboss\sixpack.exe', '-sequence', infile, '-outseq', outdir + ident + '.sixpack', '-outfile', outdir + ident + '.format'])
于 2012-07-11T18:59:19.750 回答