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我对 R 非常陌生,并尝试分析一些表达式数组数据。

对于基因表达分析,我们使用线性拟合和eBayes来计算数据。但是,如果我每个条件只有一个样本(例如,1 个对照,1 个实验),我是否仍然可以使用 lmFit/eBayes 函数或者只是对 MA 结果进行排序以找出最重要的基因。是因为计算协同效率需要每个条件至少两个样本吗?

我阅读了 limma 包装手册。它列出了一些例子。我注意到在时间课程实验(第50页)中,案例有两个0hr wt,两个0hr mu,一个6hr wt,一个6hr mu,一个24hr wt和一个24hr mu。它完成了 lmFit/eBayes 流程。是因为它是一个时间课程案例吗?如果我有一个时间课程数据,其中每个条件仍然包含一个样本(例如,1 个对照和 1 个实验,0 小时、6 小时、12 小时和 24 小时),计算与 lmFit/eBays 的协同效率是否合理?

非常感谢!

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是的,时间进程是一个特例。假设表达式随时间平滑变化,并使用回归拟合时间趋势。在所有其他设计中,您需要复制来检测差异表达。

于 2014-05-14T14:35:22.283 回答
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由于方差为 0,您将在经验贝叶斯平滑(标准误差)方面遇到问题。我尝试了一个玩具示例,这是它给出的错误:

> efit<-eBayes(fit)

Error in ebayes(fit = fit, proportion = proportion, stdev.coef.lim = stdev.coef.lim) : No residual degrees of freedom in linear model fits

于 2012-10-16T17:10:17.617 回答