我对 R 非常陌生,并尝试分析一些表达式数组数据。
对于基因表达分析,我们使用线性拟合和eBayes来计算数据。但是,如果我每个条件只有一个样本(例如,1 个对照,1 个实验),我是否仍然可以使用 lmFit/eBayes 函数或者只是对 MA 结果进行排序以找出最重要的基因。是因为计算协同效率需要每个条件至少两个样本吗?
我阅读了 limma 包装手册。它列出了一些例子。我注意到在时间课程实验(第50页)中,案例有两个0hr wt,两个0hr mu,一个6hr wt,一个6hr mu,一个24hr wt和一个24hr mu。它完成了 lmFit/eBayes 流程。是因为它是一个时间课程案例吗?如果我有一个时间课程数据,其中每个条件仍然包含一个样本(例如,1 个对照和 1 个实验,0 小时、6 小时、12 小时和 24 小时),计算与 lmFit/eBays 的协同效率是否合理?
非常感谢!