image-processing - 科学图像处理（在 ImageJ 中） - 去除背景的建议

Question

我有一堆关于细菌分裂的电影，我应该追踪它们并检测分裂等等。

现在，我是这个领域的新手，所以我正在寻找有关如何进行的初步建议。

我附上了几张截图。

对于第一部分，我必须摆脱背景。我怎么做？ImageJ 工具似乎很有前途（最好说是压倒性的），我更喜欢使用它，因为我将使用 Java 进行开发，所以我很感谢 ImageJ 大师的一些建议。

这些是我到目前为止找到的一些选项，但我无法让它们适用于所有情况：

• 滚球变换（过程 -> 减去背景）
• 二值化？（图像->调整阈值）
• 或者可以
  在 ImageJ 中完成类似的操作：
  http ://www.mathworks.com/products/image/demos.html?file=/products/demos/shipping/images/ipexrice.html

请就如何在这些不同情况下最好地摆脱 bg 提出建议。

谢谢，

伊戈尔

Answer 1

您需要对细菌进行分割和跟踪。有很多方法可以做到这一点。这是人们目前正在发表的一个研究问题。

有时效果很好的一种方法是“分水岭”算法。Breifly，人们将图像想象为一个 3D 表面，其像素值表示高度。然后，您逐渐将水倒在表面上，等待水从一个集水区溢出到另一个集水区。发生这种情况的地方有两个区域。这是一个演示它的链接：matlab中的分水岭算法

您也可以考虑水平集方法，因为它们往往在调整较少的情况下做得更好。最著名的是Chan和Vese的主动轮廓法。

这是我通过在您的图像上运行 Chan-Vese 得到的结果，无需任何额外工作：

两种分割算法都需要你做一些特别的事情才能让它在你的图像上正常工作。

当您拥有细菌移动的整个视频时，您可以做得更好。对于背景减法，您可能需要查看“Robust PCA”

www-stat.stanford.edu/~candes/papers/RobustPCA.pdf

www.cds.caltech.edu/~ipapusha/pdf/robust_pca_apps.pdf

http://users.cms.caltech.edu/~mccoy/code/

这个应用程序引起了很多关注。