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我对 R 很陌生，所以如果我的问题不清楚，请多多包涵。

我有一个data.frame包含 5 列的“蛋白质”，即；

1.protein_name、2.protein_FC、3.protein_pval、4.mRNA_FC、5.mRNA_pval 和 6.freq。

我正在尝试用 x=log2(protein_FC), y=-log10(protein_pval) 绘制火山图。然后将点的大小映射到 freq 并将颜色映射到 mRNA_FC。这一切都很好，这是我使用的代码：

ggplot( protein [ which ( protein$freq <= 0.05 ),] , aes( x = log2( protein_FC ) ,
       y = -log10 ( protein_pval ) , size = freq , colour = mRNA_FC , 
       label = paste(protein_name,",",mRNA_pval), alpha=1/1000)) + 
  geom_point() + geom_text( hjust = 0 , vjust = 0 , colour = "black" , size = 2.5 ) + 
  geom_abline( intercept = 1.3 , slope = 0) + 
  scale_colour_gradient(limits=c(-3,3))

到这里为止一切都很好。但是由于实验的性质，它周围的数据非常密集mRNA_FC = 0。在那里，ggplot 应用的默认配色方案在区分不同点方面效果不佳。

low="colour1"我通过使用和尝试了各种色阶high="colour2"。但是我认为最好在 的范围内使用多个色标mRNA_FC，即类似的东西。蓝色为白色-3<mRNA<-0.2，红色为白色-0.2<mRNA_FC<0，绿色为白色0<mRNA_FC<0.2，黑色为白色0.2<mRNA_FC<3。

但是我还没有找到任何方法来做到这一点。

任何帮助，将不胜感激。干杯!

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对于你想要使用的这种类型的东西scale_gradientn。例如：

library(ggplot2)

x = seq(-0.1, 0.1, len=100)
y = 0:10
dat = expand.grid(x=x, y=y)

ggplot(data=dat, aes(x=x, y=y, fill=x)) +
  geom_raster() +
  scale_fill_gradientn(colours=c('red', 'yellow', 'cyan', 'blue'),
    values   = c(-0.05,-1e-32,1e-32,0.05),
    breaks   = c(-0.05,-0.005,0.005,0.05),
    rescaler = function(x,...) x,
    oob      = identity)

在此处输入图像描述

于 2012-04-13T15:28:29.363 回答