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我想从全部比较中生成热图。我有数据，已经缩放到 0-1。但是，我的值仅用于以一种方式进行比较，而不是用于同一组之间的比较（始终为 1），即我有一半的矩阵而缺少另一半和对角线。将其转换为 ggplot2 可用于热图的形式的好方法是什么？

这是我拥有的数据的一个示例：

A    B    value   
T1    T2    0.347
T1    T3    0.669
T2    T3    0.214

我假设以下是我需要的 ggplot （或者我可能不需要，如果 ggplot 可以以某种方式生成它？）：

A    B    value   
T1    T2    0.347
T1    T3    0.669
T2    T3    0.214
T2    T1    0.347
T3    T1    0.669
T3    T2    0.214
T1    T1    1
T2    T2    1
T3    T3    1

然后我会跑

sorted<-data[order(data$A, data$B), ]

ggplot(sorted, aes(A, B)) +
  geom_tile(aes(fill = value), colour = "white") +
  scale_fill_gradient(low = "black", high = "red") +

我已经解决了这个问题，但是（我假设是）一种涉及 for 循环的非常糟糕的方式。必须有更好的方法来从上面的第一个数据帧到第二个！

干杯

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嗯......我可以想象一个优雅的内置存在，但这应该对你有用：

# Factors are not your friend here
options(stringsAsFactors = FALSE)

# Here's the data you're starting with
this.half <- data.frame(A = c("T1", "T1", "T2"),
                        B = c("T2", "T3", "T3"),
                        value = c(0.347, 0.669, 0.214))


# Make a new data.frame, simply reversing A and B
that.half <- data.frame(A = this.half$B,
                        B = this.half$A,
                        value = this.half$value)

# Here's the diagonal
diagonal <- data.frame(A = unique(c(this.half$A, this.half$B)),
                       B = unique(c(this.half$A, this.half$B)),
                       value = 1)

# Mash 'em all together
full <- rbind(this.half, that.half, diagonal)
于 2012-04-06T17:23:48.063 回答